首页 > 解决方案 > 生物信息学

 
生物信息学

1. 需求分析


 生物信息学利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法研究生物学的问题。生物信息学利用数学工具从大量数据中提取有用的生物学信息,其研究工具是计算机,研究方法包括对生物学数据的搜索(收集和筛选)、处理(编辑、整理、管理和显示)及利用(计算、模拟)。


 目前主要的研究方向有:序列比对、基因识别、基因重组、蛋白质结构预测、基因表达、蛋白质反应的预测,以及建立进化模型。


 BLASTFASTA是目前使用得最为频繁的两套数据库搜索程序。它们的功能相近,都是把用户提交的一个核酸序列或蛋白质序列拿去与指定的数据库中的全部序列作比较。一般认为,BLAST运行速度快,对蛋白质序列的搜寻更为有效,目前已有并行版本,支持集群的计算;FASTA运行较慢,对核酸序列更为敏感。也有基于网页交互的软件如STING,用于结构生物信息学的分析。


 在生物信息学领域,同样也有一些支持GPU加速的软件,如SOAP3GPU HMMERGPU-Blast MUMmerGPU等可以加速计算速度,下图是一些软件在GPU上运行与仅在CPU上运行的速度对比:



2. 解决方案


 

 对于生物信息学领域高性能计算应用而言,计算能力当然是首要的需求,竞博首页拥有支持8块GPU的服务器R80,除了支持2颗最多44核心Intel Xeon CPU外,8NVIDIA Tesla V100双精度计算理论性能达到112Tflops。在计算过程中,大部分生物信息学应用会进行大量的内存访问,对内存的容量和访问速度都有很高的需求,特别是基因测序中对内存的需求比其它类型的计算都要大。竞博首页R80不仅可为客户提供很高的计算能力,而且可以支持最大1.5TB内存,而且是目前最快的DDR4内存;在文件存储上提供了最大100TB 的存储空间,足以满足客户对一般情况下生物信息学问题的处理,更大的计算性能和存储要求可以考虑集群的方式,R80同样可以支持作为集群的计算节点。


3. 方案优势


 竞博首页R80是业界高端的GPU服务器, 8个(×16PCI-E 3.0全高双槽位业务插槽,完全满足8NVIDIA Tesla GPU计算卡满负荷运行的带宽要求,支持最新Volta GPU,与目前主流CPU相比较,高达100倍加速计算生物信息学软件,满足高端客户最复杂计算要求。竞博首页R80还具有非常强大的扩展能力,支持2颗最新Intel Xeon CPU处理器,24DDR4内存插槽,以及103.5寸硬盘位。既可以单台使用,又适合作为GPU集群的计算节点。



联系方式      条款和条件      隐私声明      
电话:4001-863-973 版权所有 © 上海竞博首页信息技术有限公司 沪ICP备15020139号
在线咨询 QQ咨询